Femern A/S er en del af Sund & Bælt Holding A/S, som ejes 100 pct. af det danske Transportministerium. Sund & Bælt Holding A/S er også ansvarlig for den faste forbindelse over Storebælt.
Selskabet har hovedkvarter i København. Derudover har selskabet kontorer i Burg (på Fehmarn) og Rødbyhavn. Selskabet har pr. 1. februar 2013 90 ansatte.