Internationale lån
Den danske stat står for finansieringen af kyst-kyst forbindelsen og tilslutningen til landanlæggene på den danske side. Til det formål optager Femern A/S lån på det internationale finansmarked. Den danske stat udsteder statsgarantier for lånene, fordi staten bliver ejer af den faste forbindelse over Femern Bælt. På grundlag af disse garantier kan Femern A/S optage lånene på samme vilkår som staten.
Brugerfinansieret projekt
Lånene betales ikke tilbage af de danske skatteydere, men derimod af brugerne af den faste forbindelse. Med henblik på dette vil den danske stat opkræve afgifter for benyttelse af henholdsvis vej- og jernbaneforbindelsen. Statsgarantimodellen blev også anvendt til finansiering af forbindelserne over Storebælt og Øresund.
Investeringerne i selve Femern Bælt-forbindelsen og tilslutningen til landanlæggene på den danske side vil ifølge en finansiel analyse være betalt tilbage i løbet af ca. 39 år. Lånene alene til kyst-kyst forbindelsen – dvs. eksklusive investeringen i de danske landanlæg – vil være tilbagebetalt i løbet af 33 år.