Det danske selskab Femern A/S har ansvar for at planlægge og designe den faste forbindelse over Femern Bælt. Det danske transportministerium ejer Femern A/S og gav i april 2009 selskabet til opgave at udføre forberedelser, undersøgelser og projektplanlægning i forbindelse med etableringen af en fast forbindelse. Femern A/S er en del af Sund & Bælt Holding, hvis datterselskaber er ansvarlige for planlægningen, byggeriet og driften af Storebæltsforbindelsen og Øresundsforbindelsen.

Selskabets hovedsæde ligger i København. Derudover driver Femern A/S to informationscentre i Burg på Fehmarn og i Rødbyhavn på Lolland, hvor besøgende kan få information om den faste forbindelse over Femern Bælt. Endvidere har Femern A/S et repræsentationskontor i Berlin.