Som udgangspunkt forventes det, at regionen vil krydse tre landes grænser og strække sig helt fra den nordligste del af Skåne i Sverige til Niedersachsen i Tyskland. Ud over region Skåne og Niedersachsen omfatter regionen også det storkøbenhavnske område (Region Hovedstaden) og Region Sjælland i Danmark samt de fire delstater og bystater i Nordtyskland: Schleswig-Holstein, Mecklenburg-Vorpommern, Hamborg og Bremen.

Femern Bælt regionen omfatter tre lande, herunder otte forskellige delområder og et areal på knap 109.000 kvadratkilometer. Den tyske del af regionen udgør 81 pct. af det samlede areal svarende til cirka 87.700 kvadratkilometer. Den danske del udgør 9 pct. og den svenske del 10 pct.