Sammenlignet med mange andre dele af Europa har Femern Bælt-regionen en høj motorvejstæthed. Der er 50-75 km motorvej pr. 1.000 km2 omkring de to storbyer, København og Hamborg (2008). På resten af Sjælland og i Slesvig-Holsten er tætheden lidt lavere – 25-50 km pr. 1.000 km2 (2008). Motorvejstætheden er endnu lavere i Skåne og Mecklenburg-Vorpommern.
Jernbanetætheden er også høj i Hamborg-området. Den regionale jernbanetæthed påvirkes i høj grad af den økonomiske aktivitet, og for Hamborgs vedkommende har havneinfrastrukturen meget stor betydning. Der er 150-200 km jernbane pr. 1.000 km2 i Hamborg-området (2008). Jernbanetætheden i de øvrige dele af Femern Bælt-området er med gennemsnitligt 50-100 km jernbane pr. 1.000 km2 (2008) ikke nær så høj. Og på Sjælland er jernbanetætheden endnu lavere – under 50 km jernbane pr. 1.000 km2 (2008).
Københavns Lufthavn er den største lufthavn i Femern Bælt-regionen med omkring 21,5 mio. passagerer om året (2010). Over 90 pct. af flyvningerne til og fra lufthavnen er internationale. Hamborgs lufthavn er mindre, men stadig en ganske stor lufthavn med et passagertal på omkring 13 mio. om året (2008) og godt 50 pct. internationale flyvninger.
Sjælland og Skåne forbindes af Øresundsbroen og færgeforbindelser mellem Helsingør og Helsingborg. Over 23.100 passagerbiler og over 1.800 lastbiler benytter dagligt de to ruter (2010). Mellem Sjælland og Slesvig-Holsten er der desuden færgeforbindelse fra Rødbyhavn til Puttgarden og fra Gedser til Rostock. Disse to ruter benyttes dagligt af over 5.100 passagerbiler og over 1.100 lastbiler (2010). På den anden side af Storebæltsforbindelsen er Jylland det eneste sted i området, hvor Danmark er landfast med Tyskland. Her passerer over 48.700 køretøjer dagligt grænsen (2010). Skåne har fire færgeforbindelser til den tyske del af Femern-regionen: Ystad-Swinoujscie, Trelleborg-Sassnitz, Trelleborg-Travemünde og Trelleborg-Rostock. Trelleborg-ruterne benyttes dagligt af over 700 passagerbiler og over 1.300 lastbiler (2010).
Hamborg er langt den største havn i Femern Bælt-regionen. Havnen har oplevet en meget kraftig vækst siden årtusindskiftet. I 2001 havde havnen en fragtomsætning på 83.000 tons. I 2008 var det tal vokset til næsten 119.000 tons. Lübeck og Rostock er henholdsvis den anden- og tredjestørste havn i regionen, men de er begge langt mindre end Hamborg. Lübeck og Rostock havde hver en fragtomsætning på 21.300 tons i 2008. København og Malmø har en fælles havn og havde en samlet fragtomsætning på 18.300 tons i 2008.