I en bred korridor øst og vest for henholdsvis Rødbyhavn og Puttgarden testes og vurderes øst-øst, vest-vest samt øst-vest og vest-øst linjeføringer. Analysen er et krav efter national lovgivning og indgår i den kommende ansøgning om godkendelse af projektet.

Svaret på, hvilken korridor der har den laveste påvirkning på omgivelserne bygger på en række kriterier som eksempelvis: Miljømæssig følsomhed inklusive Natura 2000-områder, sejladssikkerhed (specielt i relation til færgedriften), eksisterende undersøiske faciliteter, påvirkningen af regionale og bymæssige udvikling såvel som bygninger og mennesker, tekniske muligheder herunder adgang til eksisterende infrastruktur samt økonomi. Både linjeføringer for tunnel og bro undersøges.

Hver mulig variant bliver udviklet, individuelt vurderet, optimeret og vurderet igen indtil de første, mest ufordelagtige, linjeføringer kan vælges fra. De resterende varianter bliver yderligere undersøgt i stadig større detaljeringsgrad. Denne omhyggeligt dokumenterede proces vil til sidst lede til kun en eller nogle få linjeføringskorridorer med den lavest mulige påvirkning (Low Impact Corridors) kan præsenteres som Femern A/S foretrukne. Udvælgelsesprocessen forventes afsluttet i 2010.

Den endelige linjeføring besluttes som en del af den endelige godkendelse, i Danmark i form af en anlægslov.