Femern A/S finansierer udgifterne til projektering og anlæg ved at optage lån på de internationale kapitalmarkeder. Den danske stat stiller garanti for de lån, som selskabet optager. Herved opnår selskabet samme lånevilkår som den danske stat, hvilket medfører de lavest mulige renteudgifter.

Lånene vil blive tilbagebetalt ved hjælp af brugerbetaling – dvs. af de bilister og togselskaber, der benytter forbindelsen. Prisen for at køre over forbindelsen er i de finansielle analyser forudsat at være på niveau med den gennemsnitlige billetpris på færgeruten Rødby-Puttgarden. (se også Finansielle beregninger).

Tilbagebetalingsperioden for kyst-til-kyst forbindelsen forventes at vare ca. 25 år fra tidspunktet for åbningen af forbindelsen. Regnes de danske landanlæg med, vil den samlede gæld være tilbagebetalt på ca. 30 år. 

Den faste forbindelse over Femern Bælt er et højt prioriteret projekt i forbindelse med udvidelsen af et trans-europæisk transportnetværk. Derfor forventes det, at Europa- Kommissionen via det Trans-europæiske Netværks Program (TEN) vil støtte Femern-projektet med betydelige bidrag. Europa-kommissionen har allerede meddelt en EU-støtte på godt 2,5 mia. kr. for perioden 2007-2013. Det svarer til godt 25 pct. af de udgifter, der forventes afholdt til projektet frem til 2013. For perioden efter 2013 vil der blive ansøgt om EU-støtte til projektet i en kommende ansøgningsrunde, der vedrører perioden 2014-2020.