Godkendelsesprocessen er en ren juridisk-administrativ proces. Ansøgningsmaterialet, som udarbejdes i fællesskab mellem Femern A/S og Landesbetrieb für Verkehr und Straßenbau, Slesvig-Holsten, afdeling Lübeck (LBV-SH Lübeck) består af tekniske projektbeskrivelser med tilhørende tegninger, linjeføringsundersøgelser, information om arealanvendelse, en VVM-undersøgelse og andre miljøvurderinger, landskabsplaner samt forslag til kompenserende foranstaltninger. Den overordnede miljøvurdering er således en integreret del af ansøgningen om projektets godkendelse.
Begge projektejere udarbejder en ansøgning i forbindelse med godkendelsesproceduren. Godkendelsesmyndigheden er Landesbetrieb für Verkehr und Straßenbau, Slesvig-Holsten, afdeling Kiel (LBV-SH Kiel).
Forslag fra borgere og myndigheder
Godkendelsesprocessen giver berørte myndigheder, interesseorganisationer og privatpersoner mulighed for at komme med forslag og indvendinger. Projektejerne får herefter mulighed for at besvare de fremkomne forslag. På grundlag heraf afholdes ikke-offentlige høringsmøder, hvor parterne drøfter de indkomne indvendinger og svarene herpå.
Godkendelsesmyndigheden vurderer og afvejer herefter de forskellige interesser og fastlægger resultatet heraf i projektgodkendelsesbeslutningen (“Planfeststellungsbeschluss”) som er en byggetilladelse. Der kræves som regel ikke yderligere godkendelser eller tilladelser til projektet.