Projektdirektør Claus Dynesen er medlem af ledelsesgruppen og har det overordnede ansvar for miljø- og myndighedsprocessen. Ansvaret omfatter blandt andet de nødvendige miljøundersøgelser og koordinering med de relevante myndigheder.

Finans- og økonomidirektør Gregers Jensen er medlem af ledelsesgruppen og har det overordnede ansvar for finansiering, økonomi, regnskab og administrative afdelinger. Ansvaret omfatter desuden trafikprognoser og finansanalyser samt den TEN støtte, projektet modtager fra EU.

Projektchef tunnel Steen Lykke er ansvarlig for udarbejdelsen af forslaget til en tunnelløsning. Sammen med sit team og rådgivergruppen Rambøll, Arup & TEC udarbejdes et projektforslag, der vil kunne godkendes af myndighederne i Danmark og Tyskland. Ud over design af selve sænketunnelen inkluderer opgaven også design af tilslutningsanlæggene på Lolland og øen Fehmarn.

Projektchef bro Henrik Christensen er ansvarlig for udarbejdelsen af forslaget til en broløsning. Sammen med sit team og rådgivergruppen COWI-Obermeyer udarbejdes et projektforslag, der vil kunne godkendes af myndighederne i Danmark og Tyskland. Ud over design af selve broløsningen inkluderer opgaven også design af tilslutningsanlæggene på Lolland og øen Fehmarn.

Projektchef jernbane Axel Werner Jørgensen og hans team er ansvarlig for den elektrificerede jernbane over Fehmarn Bælt og alle de tekniske systemer, som hører til jernbanen. Han har også ansvaret for grænsefladen til landanlæggene på dansk og tysk side. Sammen med de relevante myndigheder i Danmark og Tyskland har afdelingen også ansvaret for kapacitetsplanlægningen for jernbanen.

Projektchef koordination Derek Levick er ansvarlig for opgaver som geotekniske undersøgelser, kvalitetssikring, sundhed & sikkerhed, kontraktstyring og risikostyring og anvendelse heraf i hele organisationen.

Sekretariatschef Rasmus Warborg Larsen er ansvarlig for direktionssekretariatet, herunder ledelsesbistand, og kontakten til myndigheder.

Kommunikationschef Ajs Dam er ansvarlig for public affairs, intern og ekstern kommunikation, presserelationer, udstillinger og virksomhedens visuelle identitet.

Markedsudviklingschef Jacob Vestergaard er ansvarlig for markedsudvikling og markedsanalyser.

Juridisk chef Göran Ohlsson er ansvarlig for juridisk bistand til organisationen.