Femern A/S har til opgave at designe og planlægge den faste forbindelse mellem Danmark og Tyskland over Femern Bælt. Herudover står Femern A/S for finansiering af kyst-kyst forbindelsen og for finansiering af de tilhørende danske landanlæg, Som eneejer af Femern A/S – og dermed kyst-kyst forbindelsen over Femern Bælt - vil den danske stat stille garanti for de lån, der optages til at finansiere projektet. Den tyske stat er ansvarlig for finansiering og udbygning af de tyske landanlæg.

Statstraktaten mellem Danmark og Tyskland fastlægger, at der skal etableres to udvalg: et fælles udvalg og et konsultationsorgan.

Det fælles udvalg har til opgave at ”følge og fremme implementeringen af traktaten”, herunder i særdeleshed at sørge for, at der ansøges om godkendelse til at opføre trafikanlægget i overensstemmelse med gældende ret i hhv. Tyskland og Danmark. Ifølge traktaten skal udvalget bestå af repræsentanter for transportministerierne i Tyskland og Danmark.

Konsultationsorganet har til formål at drøfte spørgsmål af regional interesse. Konsultationsorganet skal bestå af repræsentanter fra den tyske stat, den danske stat, Region Sjælland, Lolland kommune, delstaten Schleswig-Holstein og Kreis Ostholstein.

Foruden disse traktatmæssige udvalg, der skal dannes indenfor den nærmeste fremtid, findes en række andre aktører, som af egen drift har arbejdet med spørgsmål om Femern Bælt forbindelsen og den kommende region:

STRING-samarbejdet er etableret i 1999 som et samarbejde mellem regionale politikere og myndigheder fra Region Skåne, Hovedstadsregionen, Region Sjælland, Schleswig-Holstein og Hamburg. I hele området bor ca. 8 mio. mennesker. Samarbejdet har fokus på Femern Bælt-forbindelsen og samarbejde mellem viden- og udviklingsinstitutioner i området.

Fehmarn Belt Business Council – FBBC – består af repræsentanter fra erhvervslivet i Danmark og Nordtyskland samt fra Sydsverige. FBBC har til opgave at følge og støtte processen i forbindelse med byggeriet af den faste forbindelse over Femern Bælt for at få skabt en vækstregion fra Nordtyskland til Sydsverige. Samarbejdet er blevet til på initiativ af Dansk Industri og Handelskamrene i Hamburg og Lübeck. 

Femern Bælt Komitéen består af politikere samt repræsentanter for interesseorganisationer og arbejdsmarkedsorganisationer fra Region Sjælland og Kreis Ostholstein. Komitéen vil via politisk lobbyarbejde arbejde for Regionens interesser.

Fehmarnbelt-Forum Ostholstein er sammensat af forskellige regionale aktører, der diskuterer og arbejder med forskellige problemstillinger i forbindelse med projektet at etablere en fast forbindelse over Femern Bælt. Desuden arbejdes der også med spørgsmål i forbindelse med integrationsprocessen for befolkningerne på begge sider af Femern Bælt.

Fonden Femern Belt Development blev oprindelig dannet som en regional lobbyvirksomhed, der skulle arbejde for at få vedtaget en fast forbindelse over Femern Bælt. I dag søger Fonden at understøtte den regionale udvikling i området, bl.a. ved et grænseoverskridende samarbejde med Fehmarnbelt-Forum Ostholstein.