Forbindelsen er et vigtigt bidrag til at realisere den centrale nord-syd-akse mellem Skandinavien og Centraleuropa via den korteste strækning. Derfor har projektet modtaget omfattende støtte fra EU-Kommissionen inden for rammerne af programmet for et transeuropæisk transportnet. Kommissionen har for perioden 2007-2013 ydet støtte på 267 mio. euro. Det svarer til ca. 34 pct. af de budgetterede projekteringsomkostninger frem til 2013.
I forbindelse med EU-Kommissionens midtvejsrevision i 2010 blev alle projekter, der modtager tilskud fra EU, evalueret af Kommissionen. På baggrund af denne revision blev tilskuddene for perioden 2007-2013 reduceret med omkring 72 mio. euro fra 339 til 267 mio. euro. Man må dog gå ud fra, at beløbet overføres til næste støtteperiode. Det er samlet set lykkedes Femern A/S at sikre den nødvendige støtte til projekteringsfasen.
For perioden 2014-2020 ansøges der igen om EU-tilskud. Beregningen af projektets rentabilitet er baseret på, at der i anlægsfasen modtages støtte inden for rammerne af TEN på 10 pct. af anlægsomkostningerne.